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私はそういった業界の者でもなんでもないんで間違った認識はあるかもしれませんが…

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Web標準に関してIEがイロイロ言われるのは、

CSSやJavaScriptの独自解釈や拡張、およびActiveXによる独自仕様が激しい（激しかった）からです。

FlashはあくまでObjectの1つに過ぎないので、Web標準とはあまり関係ないはずです。

むしろFlashプレーヤーがインストールされていれば基本的にどのPCでも同じように表現されるので

リッチなWebアプリケーションは（Ajaxが発展するまで）Flashで作られることが多かったと思います。

関係あるとすればおっしゃってるようにSEO（検索エンジン最適化）ですね。

検索サービスでのクロールは全くできないわけではなかったと思いますが、

決して効率のいいものでもありません。

Ajaxがもてはやされるのはそこも大きいでしょうね。